Genetische monitoring draagt bij aan beheersing tomatenvirus ToBRFV

NIVIP is onderdeel van de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA). In berichtgeving over de genetische stamboom van ToBRFV meldt de NVWA dat de online tool Nextstrain een goed hulpmiddel is voor een genetische analyse van het gevreesde virus. Het biedt onderzoekers onder meer de mogelijkheid om virusgenomen en dus ook virusvarianten te vergelijken.

In onlangs gepubliceerd onderzoek beschrijven virologen en moleculair biologen de nieuwe inzichten op basis van 455 vrijwel complete virusgenomen van ToBRFV, afkomstig uit 32 landen. Volgens plantenviroloog Marleen Botermans van NIVIP is de meerwaarde van het onderzoek dat met moleculaire technieken minieme genetische verschillen in beeld kunnen worden gebracht.

Minieme verschillen

Botermans vertelt dat de genetische variatie binnen ToBRFV relatief klein blijkt, zeker in vergelijking met verwante virussen, zoals tobacco mosaic virus (TMV) en tomato mosaic virus (ToMV). ‘Met het in kaart brengen van de genetische variatie van ToBRFV krijgen we meer inzicht in verwantschappen en mogelijke verspreidingsroutes.’

Zo laat de analyse zien dat virusvarianten in tomatenplanten uit enkele Engelse kassen genetisch sterk lijken op varianten die eerder aangetroffen zijn in geïmporteerde tomaten uit Marokko. Dit wijst op een samenhang en geeft aan dat besmette vruchten mogelijk een risico vormen en dat import een rol kan spelen bij de verspreiding van ToBRFV over grote afstanden.

‘Door wereldwijd virusgenomen te vergelijken, worden patronen zichtbaar. Daardoor krijgen we niet alleen meer inzicht in de verspreiding, maar kan het ook helpen om bijvoorbeeld hygiënemaatregelen te verbeteren’, verklaart Botermans.

Voor het vaststellen van de gevolgen van de genetische verandering is volgens de NVWA aanvullend onderzoek nodig. Botermans legt uit dat niet gesteld kan worden dat ToBRFV gemakkelijker muteert dan andere virussen en daarmee extra gevoelig is voor resistentiedoorbraak.

Zij noemt genetische veranderingen bij vermeerdering een algemeen kenmerk van virussen. Wel wijst de viroloog op de factor virusdruk. ‘Dat verhoogt de kans op mutaties. Juist de varianten van het virus die ook resistente rassen aantasten, kunnen zich zo makkelijker verspreiden.’

In het onderzoek zijn genetische veranderingen in ToBRFV gevonden die volgens de virologen extra aandacht verdienen. Het gaat om varianten aangetroffen in een hoogresistent tomatenras waarvan de planten toch virussymptomen vertoonden. De gevonden virusvarianten behoren tot de genetische groep subclade 7AB, die inmiddels veel voorkomt in Nederland. Deze groep is eerder in verband gebracht met de zogeheten cross-protectie.

Minder schade

Bij zogeheten ‘cross-protectie’ worden planten bewust geïnfecteerd met een virusvariant die minder schade zou veroorzaken. Het gebruik van ToBRFV op deze manier als gewasbeschermingsmiddel is echter niet toegestaan in Nederland.

Een dergelijke toepassing leidt volgens de inzichten van de NVWA tot een hogere virusdruk. Dat geeft meer kans op mutaties en daarmee meer risico op resistentiedoorbraak. Botermans: ‘Omdat resistente rassen een belangrijk onderdeel zijn voor de beheersing van ToBRFV, is het van belang om de virusdruk zo laag mogelijk te houden.’

Volg de berichtgeving over ToBRFV op onze overzichtspagina

In 2023 en 2024 werd de subclade 7AB-variant van ToBRFV aangetroffen op 34 van de 36 Nederlandse tomatenbedrijven waarvan de virusgenomen zijn bepaald. Slechts twee bedrijven hadden een andere variant. De brede aanwezigheid van subclade 7AB betekent overigens niet dat op al deze bedrijven cross-protectie is toegepast. De variant kan zich ook onbedoeld hebben verspreid, stelt de NVWA.

De beschikbaarheid van rassen met resistentie is belangrijk voor de tomatenteelt. Deze rassen beperken de vermeerdering van het virus. Resistentie betekent echter niet dat ToBRFV geen rol meer speelt, want resistentie maakt een plant niet immuun, benadrukt de NVWA. Bij een hoge druk kan het virus zich op grote schaal vermeerderen. Daardoor ontstaan ook meer mogelijkheden voor genetische variatie.

Genetische monitoring is een onderdeel van de bredere aanpak van ToBRFV, aangevuld met resistente rassen, een lage virusdruk en goede hygiëne. De ontwikkeling van meer resistente rassen is essentieel volgens de NVWA. Tegelijk bewijst de genetische analyse dat het belangrijk blijft om alert te zijn op veranderingen in het tomatenvirus.

Onderbouwing voor aanpassing quarantainestatus
Het onderzoek dat NIVIP samen met nationale en internationale partners heeft uitgevoerd, laat zien hoe genetische monitoring over een langere periode een beter inzicht geeft in de verspreiding van ToBRFV. Daarnaast heeft het onderzoek samen met ander onderzoek van NIVIP het fytosanitaire beleid voor ToBRFV onderbouwd.

Mede op basis van de inhoudelijke input van de NVWA is de wettelijke status van ToBRFV in Europa per 1 januari 2025 aangepast. Het plantpathogeenvirus wordt nu niet langer aangemerkt als Q-organisme, maar als een zogeheten ‘regulated non-quarantaine pest’ (RNQP). Sindsdien geldt niet langer een meldings- en uitroeiingsplicht.